В 1935 г. о. Иоанн был арестован в Москве, осужден по обвинению в «контрреволюционной агитации», с дек. 1935 по июль 1938 г. находился в Карагандинском ИТЛ. После окончания срока заключения поселился в Ржеве, где работал закройщиком в артели портных «Красный швейник». В 1941 г., после захвата города нем. войсками, о. Иоанн и бригадир артели отказались шить для фашистских солдат полушубки. О. Иоанн бежал в дер. Медведки Смоленской обл. После освобождения деревни советскими войсками уехал в Арзамас, поселился в дер. Бебяево Арзамасского р-на Горьковской обл. До 1944 г. работал в колхозе, затем переехал в г. Бор Горьковской обл. к дочерям.
В мае 1945 г. прот. Иоанн Моржаков получил предложение принять сан епископа. После пострижения в монашество с именем Иосиф он был рукоположен 9 окт. 1945 г. архиеп. Иринархом (Парфёновым) и еп. Геронтием (Лакомкиным) во епископа Кишинёвского. Первоочередной задачей И. считал восстановление связей старообрядцев в Молдавии с единоверцами в России после более чем 20-летнего отсутствия контактов между ними. И. необходимо было наладить епархиальное управление, приходскую жизнь, учредить благочиния, изжить последствия оккупации. В задачи старообрядческого епископа также входили активизация усилий старообрядцев по восстановлению народного хозяйства, включение своей паствы в общественную жизнь страны. Вскоре по решению совета Московской архиепископии к Кишинёвской епархии были присоединены Черновицкая и Одесская области Украины. В сент. 1951 г. И. принял участие в республиканской конференции сторонников мира в Кишинёве, в мае 1952 г.- во Всесоюзной конференции всех Церквей и религиозных объединений в защиту мира в Москве, в апр. 1955 г.- в работе пленума постоянного республиканского Комитета защиты мира в Кишинёве.
В 1952 г. И. был назначен помощником старообрядческого архиеп. Московского и всея Руси Флавиана (Слесарева). После его смерти, 19 февр. 1961 г., И. был возведен в сан архиепископа Московского и всея Руси. В том же году возглавил делегацию старообрядческой Церкви на Всемирном общехрист. конгрессе в защиту мира в Праге (будучи Московским архиепископом, И. ежегодно перечислял часть личных средств в Фонд мира). Деятельность И. по руководству архиепископией мало отличалась от линии, проводившейся его предшественником архиеп. Флавианом. И. стремился поддерживать должный уровень благочиния и благочестия паствы, но вслед. активизации гонений на религ. орг-ции в период управления страной Н. С. Хрущёвым епископ не мог увеличить количество приходов и число священнослужителей. В 60-х гг. XX в. были рукоположены 2 епископа: Никодим (Латышев) - на Кишинёвскую кафедру (8 окт. 1961) и Иоасаф (Карпов) - на Клинцовскую и Новозыбковскую кафедру (16 февр. 1964). Еп. Иоасафу в янв. 1968 г., после ухода на покой еп. Александра (Чунина), решением собора были переданы приходы Волго-Донской епархии. Как и в прошлые годы, архиепископия ежегодно выпускала церковный календарь. И. похоронен на Рогожском кладбище в Москве, на Архиерейских могилах.